Część księgozbioru Książnicy Kopernikańskiej została wpisana do narodowego zasobu bibliotecznego! To wielkie wyróżnienie dla toruńskiej biblioteki. Do zasobu trafiają zbiory o wyjątkowej wartości i znaczeniu dla dziedzictwa narodowego. Tym samym Książnica Kopernikańska znalazła się w elitarnym gronie 13 polskich bibliotek, których zbiory tworzą NZB. Są to m.in.: Biblioteka Jagiellońska w Krakowie, Biblioteka Narodowa w Warszawie, Biblioteka Zakładu Narodowego im. Ossolińskich we Wrocławiu oraz Biblioteka Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

Aby księgozbiór został zaliczony do narodowego zbioru bibliotecznego, musi spełniać co najmniej jedno z czterech kryteriów: powinien posiadać wartość historyczną, musi być cenny dla nauki lub kultury albo powinien mieć unikatową wartość artystyczną.

Do NZB trafiły następujące zbiory Książnicy Kopernikańskiej: regionalne wydawnictwa ciągłe z okresu XIX i początku XX w. o toruńskiej proweniencji, kolekcja starodrucznych regionalnych panegiryków, kolekcja ks. Stanisława Kujota ze zbiorów Towarzystwa Naukowego w Toruniu oraz ikonografia, głównie fotografie i grafiki związane z Toruniem i regionem.

Warto dodać, że materiały zaliczone do narodowego zbioru bibliotecznego podlegają szczególnej ochronie polegającej na zapewnieniu bezpiecznych warunków w zakresie przechowywania, kopiowania i utrwalania oraz udostępniania w celach naukowych albo ekspozycyjnych.

O zaliczeniu księgozbioru do NZB decyduje Rada do Spraw Narodowego Zasobu Bibliotecznego, która działa przy Ministrze Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Po jej pozytywnej opinii Minister Gliński wpisał 26 marca 2020 r. część księgozbioru Książnicy Kopernikańskiej w Toruniu do narodowego zasobu bibliotecznego.